德國政府在大力推動有機農業發展的同時，對有機食品的質量和安全嚴格把關。從農田到餐桌，德國已擁有一套完整的食品安全監管網絡，包括食品和飼料生產商的“謹慎自查義務”、嚴密的食品追蹤體系、監管人員嚴格檢測以及依法嚴辦的問責制度等。
　　目前，德國是歐盟最大的有機食品市場。2000年至2010年，德國有機食品銷售額增長近三倍，達近60億歐元。
　　截至2011年底，德國共有2.25萬家農業企業從事有機農業生產，總占地面積超過100萬公頃，分別占德國所有農業企業和農業總占地面積的7.5%和6.1%。德國生態農業領域的生產、加工和貿易商達近四萬家。
　　為鼓勵有機農業發展，德國政府出臺了包括設立獎金、重點扶持等多項鼓勵政策。例如，政府每年向聯邦生態農業和其他形式的可持續農業項目投入1600萬歐元，對有機農業的生產、銷售、加工、營銷各環節予以支持。
　　歐盟2007年出臺《有機農業條例》，對植物種植、動物飼養、水產養殖、紅酒釀造等有機食品生產以及從第三國進口有機產品提出嚴格標準。其中規定，有機食品是指來自于有機農業生產體系，不使用化肥、農藥、生長調節劑等化學合成物，不使用基因工程生物及其產物生產加工的食品。
　　有機農業生產體系的核心是建立和恢復農業生態系統的生物多樣性和良性循環，以維持農業的可持續發展。
　　《有機農業條例》對有機農業產品生產和加工作出具體規定。
　　德國一向重視食品安全，為了更好地貫徹歐盟標準，德國2009年對已實行多年的《生態農業法》進行修訂，對如何監管有機農業作出系統性布局。
　　該法律規定，食品安全檢查由各聯邦州負責，各州可將檢查監督工作全部或部分委托私人機構代理。私人機構在聯邦農業與食品局(BLE)許可下獲得檢查許可和歐盟編號，并有義務在網上公示其負責檢查的農業企業，在查出違規食品后及時向各州食品安全監管部門匯報。另外，從第三國進口的食品在德國市場銷售，也須得到聯邦農業與食品局許可。
　　現階段，德國共有20個食品安全檢查站點，全部為私人企業，德國16個聯邦州食品安全部門負責對這些企業進行管理。所有檢查站均須符合歐盟標準，獲得歐盟編號。檢查站每年須依據歐盟法規，對德國有機農業生產、加工、進口企業至少檢查一次，部分企業還會面臨抽查。檢查側重“過程控制”，如有特別懷疑的情況，檢查站也會提取土壤、植物樣本，分析是否含有農藥、重金屬等殘留物。
　　在“過程控制”檢查中，有機食品生產和加工商須如實匯報產品生產情況，包括提供土壤、廠房、設備等方面的信息。作為生產企業，有義務記錄從原料到產品的全部生產過程。例如，農業企業須出示詳盡的耕作計劃、購買種子和肥料的數量、交易對象等信息；而面包商要提供小麥來源、烤面包師傅姓名等信息。這樣可以保證在產品出現問題時追溯至生產者。按照規定，如果農業生產企業同時經營有機農業和傳統農業，傳統農業部分也需要出示生產記錄。
　　與種植業監管類似，牲畜飼養者須記錄飼料購買、動物買賣、疾病預防與治療等情況，肉食加工商則要出示配料表、添加劑使用等記錄。一旦查出問題，違規產品不能冠以“有機”標志出售。如今，德國食品安全得到眾多民眾信任。雖然時有曝出雞蛋二口惡英污染丑聞，但多為農場自檢發現，問題產品得到及時召回，未出現民眾中毒事件。
　　盡管德國在有機食品監管方面已堪稱“細致”，業肉人士還是針對監管體系提出意見。自2006年起，已實現信息共享的德國各檢查站開始利用同一網絡平臺公開被檢查企業信息。借助這一平臺，將每批貨物的流通登記在案，以對買賣雙方進行監督，杜絕欺騙造假。目前這個項目仍在建設中。