4月10日晚，長航鳳凰發布公告稱，由于航運市場持續低迷，公司嚴重虧損，資金極度緊張，致使公司已到期的貸款本金和利息未能如期償付。截至2013年4月9日，公司（包括公司控股子公司長江交科）共有逾期的貸款本息合計44,760萬元，占公司最近一期經審計凈資產的比例為342.73%，占公司最近一期經審計總資產的比例為5.07%。
　　涉及本次逾期貸款的銀行和金融機構則包括工銀租賃、交通銀行、招商銀行、興業銀行、光大銀行、進出口銀行、浦發銀行7家。其中涉及交通銀行的逾期貸款近3億元。
　　長航鳳凰表示，以上貸款逾期平均時間為21天，公司不排除相關銀行通過法院申請財產保全等手段對公司的資產進行凍結、查封或扣押的可能性，公司將積極與有關各方協商，尋求妥善解決問題的辦法。
　　而為了緩解資金壓力，此前長航鳳凰已經抵押逾10艘船舶向多家銀行申請貸款。
　　長航鳳凰3月13日公告稱，公司擬向浦發銀行、民生銀行、中信銀行等6家銀行合計申請約6.21億元的固定資產貸款或流動資金貸款。其中向招商銀行約申請貸款1.06億元，抵押物為"瑞江5號"等6艘長江自航船和"長航江洋"等3艘海輪。而除了向浦發銀行申請的5135萬元固定資產貸款為十年期外，其余貸款期限均為一年。
　　同時，因公司在2010-2011年向交通銀行貸款1930萬美元，為維持銀行原項目貸款授信，長航鳳凰將兩艘船舶長迅3號、滿江海抵押給交通銀行。
　　此外，為了緩解資金支付壓力，長航鳳凰與交銀金融租賃有限責任公司協商，決定將2013年到2014年應按季度支付的租金8128萬元調整到2014年底支付，在此期間，融資本金仍按原利率計息。預計2013-2020年間每年將新增租金成本173萬元。
　　而為減少虧損，公司還決定將目前的以長江干散貨運輸業務為主的航運綜合經營方式轉變為船舶租賃經營。
　　長航鳳凰此前發布的業績預告顯示，2012年公司凈利潤虧損8億元至9億元，主要是由于國際干散貨市場指數BDI在低位徘徊，平均916點，較去年同期平均1,548.69點減少632.69點，減幅40.85%，公司遠洋業務受此影響較大。以及國內江、海運輸需求不旺，運價下跌，同時燃油及相關成本居高不下，導致公司收入利潤率下降。此外，公司在報告期內還新增的辭退福利費用約7000萬元。