1、地方政府消極被動，疲于“湊數量”。國家制定公共租賃住房政策和目標，最終是要由地方政府來具體落實的。然而，地方政府沒有公共租賃住房的供給決策權，只是被動地執行上級分配下來的供給數量、供給方式和供給程序。因此，很多地方政府疲于完成上級下達的任務，而沒有真正把建設公共租賃住房當做自己應盡的職責，可以說，地方政府積極性不高是公共租賃住房建設中的最大障礙。
　　2、公租房建設管理體制不完善，供給方式單一。發展公共租賃住房在我國還是一個新興事物，各地不可能在短時間內健全公共租賃房的供給管理體制，也制約了公共租賃住房的良性發展。主要表現在兩個方面：一是公共租賃住房的規劃建設與公眾需求嚴重錯位。當前公共租賃住房供給決策是“自上而下”命令式的分配任務，地方政府也只是消極被動地完成任務，而不足由地方政府通過基層調研、摸底，聽取社會公民的真正訴求從而形成決策，因此造成公共租賃住房供需“背道而馳”的局面。二是很多地方政府的公共租賃住房管理機構不健全，決策人和執行人混在一起，責任分工不明確，導致政府行政事務過多，行政效率不高。
　　3、資金缺口仍然很大，地方政府的財政壓力加大。2011年中央用投入各類保障性住房資金補助為1210億元，但僅占所需資金的10%，剩余90%則需要地方政府去籌集。分稅制改革導致地方政府高度依賴土地財政，而公租房用地要求無償劃撥，地方政府還要支付各種稅費以及其他各種開支，使得很多地方政府已面臨嚴重的收支平衡難題，再加上公共租賃住房投資回收期長，更加大了地方財政的壓力。
　　4、公租房配租條件苛刻僵硬，分配公平難以保障。其一，各地方政府雖然已經在嘗試建立適宜本地區的配租試行辦法，但會不會考慮地方“困難”而扭曲執行使得配租條件更加苛刻呢？其二，《公共租賃住房管理辦法》需要以信息的透明性為前提，但由于家庭和個人住房、收入及金融資產的基礎信息不足，申請資質審核存在一定難度，退出機制也不盡完善，會不會滋生分配權力尋租漏洞呢？其三，公共租賃房屬于投資回收期長、即時回報率低的項目，地方政府部門會不會放松管理，缺乏有效的質量監督，從而降低公共租賃住房的公信力呢？諸如此類問題宜充分注意。