經全國人大常委會的兩次審議，《社會保險法(草案)》自2008年12月28日至2009年2月15日對外公開征求意見。其中草案第二十四條規定：“省、自治區、直轄市人民政府根據實際情況可以將城鎮居民基本醫療保險和新型農村合作醫療統一標準合并實施�！边@一體現了將城鎮居民基本醫療保險制度與新型農村合作醫療并軌的立法導向引起很多爭議，不少人反對兩項制度的并軌。
　　衛生部農村衛生管理司合作醫療處處長傅衛認為，目前將新農合納入新保險法的時機并不適宜，社會保險法不宜過快統一城鄉醫保。但是，也有一些專家表示，應該堅持將城居醫保與新農合制度并軌的立法理念與導向，同時，合理的制度設計可以解決制度并軌可能產生的負面作用。

　　統籌并非統一

　　據了解，目前我國已經建立起以職工醫保、城居醫保與新農合為框架的基本醫療保險制度�！暗�整體來看，這幾項制度之間相互割裂，呈現‘醫保孤島現象’。首先，制度之間存在身份界限。因人設保，城居醫保和新農合的參保居民之間存在城鄉戶籍界限。其次，業務經辦資源分散。城居醫保和新農合各自設定醫療機構，各自設定藥品目錄，各自設定計算機網絡，資源不能共享，運作成本高昂。再次，待遇差異。由于財政對城居醫保的投入力度總體上要大于新農合，二者在籌資上存在一定的差距，造成醫療保障待遇存在不小的差距。最后，管理分割。在既定的管理體制下，城居醫保由人力資源與社會保障部門管理，新農合由衛生部門管理，機構重疊，投入重復�！笔锥冀洕�貿易大學社會保障研究中心副主任朱俊生認為，城居醫保與新農合的并軌關系到國家醫療保障制度的整體構建問題，一定要堅持。
　　“但是與其他社保制度相比，醫保畢竟存在較大的特殊性；而且，國內目前三項醫保制度的籌資方式、管理模式都不盡相同，如果強行將城鎮醫保和新農合統一，可能對蓬勃發展的新農合制度造成沖擊�！备敌l說。
　　對此，朱俊生認為，城鄉統籌絕不是統一，關鍵是要有一體化的制度設計理念，以免將來國家整合時造成沉重的成本負擔�！澳壳俺青l有別的醫療保障體系其最大的不同在于保障水平差異很大，因此，我認為實現城鎮醫療保障制度與農村醫療保障制度的整合的主導思想是：在未來一段時間內，穩定城鎮醫療保障水平，提高農村醫療保障水平，待條件成熟以后，逐步實現城鎮與農村醫療保障的整合�！敝炜∩�說。

　　制度設計謹防“窮幫富”

　　雖然將城鎮居民醫保和新農合統一標準、合并實施的初衷是好的，但由于目前我國城鄉經濟發展存在巨大差異，有人認為這可能會導致“窮幫富”的結果，造成城鎮居民侵占農民利益，進而產生極大的不公。
　　“縮小城鄉醫療水平差距是我們的目標，但同時也要充分尊重現實�！备敌l對記者說，“從現實來看，城鄉差距在進一步增大。據了解，目前城鄉之間收入的差距是3倍，消費也是3倍，還有醫療水平。在這么大的差距下合并不僅不現實，對農民也是不公平的，因為享受的資源是不對等的�！�
　　傅衛的擔憂并非空穴來風。據國家統計局此前發布的數據顯示，2008年前三季度，城鎮居民人均可支配收入是11865元，農村居民人均現金收入為3971元；2007年城鎮居民家庭人均醫療保健支出為699元，農村居民家庭人均用于醫療保健支出為210元。城鄉居民的醫療需求和消費水平差異可見一斑。
　　面對這些質疑，朱俊生認為，合理的制度設計可以解決制度并軌可能產生的負面作用。他說，“針對區域經濟社會發展不平衡的狀況，可以采取分層次的原則，根據農民和被征地農民的實際收入水平以及原新農合繳費水平的實際，制定適合不同經濟能力人群的個人繳費標準。同時，為了統籌城鄉，實現基本公共服務均等化，要逐步加大財政對農村居民的補貼力度，財政對城鎮和農村居民必須實行統一的補貼標準�！�
　　與此同時，東莞、杭州、珠海先行試點地區的實踐也證實了兩者并軌的可行性。以珠海為例，2008年1月，珠海啟動了城鄉居民基本醫療保險制度，其中對個人繳費標準作了區分，一般參保人個人每年繳費250元，經濟困難的農民及被征地農民等“特殊人群”參保人可以選擇每年繳費25元，財政補貼的標準則都是每年150元。
　　這種不同的籌資安排充分兼顧了不同社會階層的不同經濟能力，并沒有產生一些人擔心的“窮幫富”后果，相反，這會提高醫療保險基金的共濟能力與抗風險能力，提高農村居民的醫療保障水平，從而有利于提升醫療籌資的公平性。

　　管理模式有待完善

　　“幾年來，新農合取得的成效有目共睹�！备敌l說，“從2003年開始試點實施，截至2008年，短短5年間新農合已覆蓋我國全部有農業人口的縣(市、區)，有8.14億農民參加了新農合，參合率達到91%�！�
　　與此同時，新農合用較低的籌資水平實現了相對較高的受益水平。根據2007年的統計數據，新農合的人均籌資水平不到城鎮職工基本醫療的1/20，而2007年城鄉居民的人均年醫療支出相差3.3倍，人均住院費用水平之差近3倍，而兩者的補償受益水平差距只有2倍左右。
　　傅衛認為，新農合之所以能取得良好績效，除了各級政府高度重視、精心組織和大力推進之外，由衛生行政部門管理新農合這種模式是非常關鍵的原因。
　　“與其他保險的收支過程相比，醫保不光是基金的收、管，還包含對醫療機構的監管問題。也正因此，衛生行政部門在醫療保障管理上具有獨到優勢�！备敌l說，衛生部門能充分掌握衛生資源配置現狀與群眾的醫療服務需求信息，可以統籌衛生資源配置與醫療服務提供，使保障和服務相互作用，一方面最大限度滿足群眾的醫療服務需求，另一方面拉開不同級別醫療機構間的補償水平，合理引導病人流向，實現基本醫療服務的下沉，提高衛生資源的使用效率，節約醫藥費用。以新農合為例，衛生部門能有效判斷醫藥費用增長是否合理，結合對定點醫療機構的綜合考評，促使醫療服務機構行為的規范化和費用的合理增長。
　　然而，在朱俊生看來，這種備受衛生部推崇的管理模式卻也使之面臨了較為嚴重的角色沖突�！霸谀壳暗墓芾眢w制框架中，一方面衛生行政部門要規制和管理醫療服務供給者的行為，為醫療服務提供者(或其中一部分)提供財政預算補償，甚至是直接舉辦醫院；另一方面，衛生行政部門又實際管理著新農合基金，與醫療服務提供者簽訂合同，扮演著服務購買者的角色。雙重身份的管理體制使衛生服務機構‘供給誘導需求’的行為傾向得不到合作醫療管理方面的有效制約，不利于控制醫療費用，節約新農合資金�！敝炜∩鷮τ浾哒f，現在很多地方，縣級的新農合基金管理機構、經辦機構、監督機構和衛生局其實就是一個機構、幾塊牌子。管辦不分離，既是運動員，又是裁判員。作為新農合的管理方，縣鄉管理機構承擔著監督醫療服務行為、控制合作醫療基金支出的重任。但是，一些地方的新農合管理機構直接隸屬于衛生局。在這種情況下，要求他們很好地盡到監督醫療機構行為的責任比較困難。