我國醫保付費長期以來是按服務項目付費，被視為“浪費型醫療”制度的根源，隨著基本醫療保險制度、基本藥物制度、基本醫療衛生服務體系等建設完成，醫保支付方式改革將成為撬動下一階段醫療體制改革的鑰匙。
　　老齡化社會到來與醫保覆蓋面擴大是“十二五”醫改的重要背景，雖然我國經濟發展開始減速，但醫藥費用剛剛進入快速增長通道。在人力資源與社會保障部專家看來，未來幾年醫保付費應該由數量向質量提升，但醫保付費面臨的重大問題仍是“差錢”，如何在付費方式改革過程中尋得各方利益訴求的平衡，是“十二五”醫改面臨的難題之一。
　　首先，支付方式改革對公立醫院將形成壓力。衛生部部長陳竺表示，用總額預付、按病種、按服務單元、按人頭等預付方式取代按項目的后付方式，支付制度改革與取消以藥補醫相輔相成。從這個角度而言，支付方式改革將打破“以藥養醫”的利益格局。醫院無法再靠多提供治療獲取經濟效益。
　　但業內人士擔憂，總額預付等雖然可以設定醫保支付上限，卻無法撬動大醫院在診療過程中的主動權，在藥品收入占醫院總收入達40%的背景下，醫�？刭M與公立醫院的博弈，或會導致醫療服務質量的下降。
　　其次，醫保支付方式改革呼喚對醫療服務和病種診療的市場化定價。在公立醫院為主的體系中，醫療服務價格既不充分代表市場需求，也不能完全體現醫務人員勞動價值。在此基礎上擴大按病種付費的試點，將考驗醫療資源配置的均衡性。如何在不增加群眾負擔、不過分消耗社會福利的同時，又保證醫務人員的積極性，將考驗支付方式改革過程中的資源配置。
　　第三，各地經濟社會發展狀況不一致，支付方式改革的區域規劃也將趨向多元。以按人頭付費為例，因各地試點進度不同，形成超過7種按人頭付費方式，不同級別醫院中的按人頭付費也存有差異。此外，總額預付、按病種付費和按人頭付費等互補出現，也對付費方式改革的推廣和控費措施的制定形成考驗。
　　破除“以藥養醫”被視為“十二五”期間醫改工作的重要課題，但“藥不養醫，誰來養醫？”的問題會與支付方式改革并肩出現，因而，增加政府投入、擴大社會資本辦醫、完善醫生績效考核機制、建立激勵分配機制等解決方式，都成為業界專家探索的重點。
　　在上述因素制約下，政府如何有效配置醫保資源、完善多渠道補償機制并縮小基層醫療衛生機構的收支缺口，將影響支付方式改革的成效。目前，《醫改“十二五”規劃》即將出臺，關于支付方式改革的討論正在升溫，而改革的重點將集中在醫�？刭M和降低藥品過多使用方面，預計對醫藥行業增長將構成進一步壓力。