我國2001年設立的“股權代辦轉讓系統”被稱做“老三板”。2006年1月，中關村科技園區非上市股份公司開始進入代辦轉讓系統進行股份報價轉讓試點，因掛牌企業均為高科技企業，不同于原轉讓系統內的退市企業，故被稱為“新三板”。我國設立“新三板”主旨是，讓暫時不符合主板及創業板上市標準的創新型公司通過“新三板”掛牌，可以由原股東和愿意購買公司股票的投資者直接交易，實現最快速的股權流通和融資，推進中小企業的發展壯大和科技進步。由于種種原因，新三板市場目前面臨著掛牌區域單一、掛牌企業數量少、缺乏流動性、轉板制度不健全等主要問題。新三板市場的發展亟待制定出臺一系列合理的扶持政策。
首先，掛牌區域單一，掛牌企業數量少，融資效應低。新三板市場尚處于試點階段，唯北京中關村園區具備條件的企業方有資格進入掛牌。試點6年來，掛牌企業家數不足120家，每年平均增加20家。由于掛牌公司數量少，加之股本規模小，企業定向增資金額僅有20億元，且企業單次融資規模大都在數百萬元或2000-3000萬元。
其次，市場低迷，成交稀少，流動性差。缺乏流動性是“新三板”最大的缺陷，由于場外市場掛牌公司沒有經過公開發行，股本集中度甚高，交易涉及的資金量非常有限，加之參與對象受限、原始股東惜售等原因，市場低迷，成交稀少，缺乏流動性，市場功能難以發揮。據統計，2011年1月1日至今，成交金額僅有7.32億元，平均換手率3.4%，而同時期場內市場換手率超過230%。從最新數據來看，2012年3月31日，三板僅有14家企業有賣家買家報價，僅有1家成交。市場交投冷清，導致直接融資功能大打折扣。沒有交易，不能給企業融資，場外市場功能難以發揮。
再次，個人投資者禁入，股份轉讓受人數限制。新三板市場推出后，對參與投資對象的身份及數量上的限制十分嚴格。我國《公司法》、《證券法》均對未上市股份公司的股東人數設200人上限�！蹲C券法》第十條規定向特定對象發行證券累計超過200人的，即達到公開發行的標準，要經過證監會核準。根據《中關村科技園區非上市股份有限公司報價轉讓試點辦法（暫行）》規定，自然人投資者除原始股東和因增資、激勵、繼承成為股東外，其余自然人全被拒之于新三板市場之外。新三板企業轉讓如果達到這個極限，便會暫停報價。
第四，公司缺乏掛牌動力，券商利潤空間有限。由于新三板掛牌企業僅限于中關村園區企業，區外企業無緣。企業要掛牌，規范的稅收成本也很高。同時，新三板公司規模都比較小，對各級政府及國家高新技術園區的補貼有較大依賴，如無政府鼓勵，小企業很難有動力“貼”錢掛牌。對于券商來說，在三板掛牌交易掙到的費用只有幾十萬元，相對于大投行而言，許多券商此項業務入不敷出。
要大力發展新三板，亟待完善新三板發展的相關制度，制定并出臺一系列合理的扶持政策。
首先，掛牌公司打破地域限制，范圍應擴展至全國。新三板市場目前僅服務于中關村科技園區內注冊的高新技術企業。中關村科技園區非上市股份有限公司報價轉讓試點自2006年1月啟動，至今已整整6年，其探索、試點的使命業已完成。過于局限的試點范圍對新三板以及我國場外交易市場的發展極為不利。因此，亟需國家出臺“新三板擴容政策”，即新三板市場掛牌公司在原有中關村科技園區試點的基礎上，將范圍擴大到全國所有符合條件的股份公司。對于參與的企業制定統一的標準和條件，公平競爭，擇優掛牌。把新三板市場建設成全國性、統一標準、高效的資本場外交易市場 。
其次，推出做市商制度，合理估值定價，提高流動性。做市商制度不同于競價交易方式，一般為柜臺交易市場所采用，以納斯達克市場最為著名和完善。做市商最主要的功能是對掛牌公司定價估值，提供流動性。新三板市場為創新企業服務，創新企業未來業績波動劇烈，上市公司披露的信息很難準確反映其未來，一般投資者沒有能力自行直接分析創新公司，只有依靠做市商。在企業掛牌前，應允許做市商持有掛牌公司一定比例（5%-15%）的股份，以保證雙向報價和合理的流動性交易。
再次，建立投資者適當性管理制度，放開個人投資者。適當性管理是實施合格投資者制度的基本要求，原因在于新三板市場在制度建設、監管強度力度以及信息披露方面都無法比擬A股市場 。顯而易見，投資新三板存在著太多的不確定性與風險，保護投資者的利益成為監管部門首先必須面對的問題。自新三板市場啟動以來，普通個人投資者能否參與其中一直是市場爭論的焦點。境外成熟的市場，都是對公司股東人數設下限。納斯達克小型資本市場的持續上市標準中，要求股東人數不得少于300人；我國臺灣的上柜股票要求持有股份1000-50000股的記名股東人數也不能少于300人。新三板不允許普通個人投資者參與，限制了市場的流動性，具有一定風險承受能力和一定投資經驗的個人投資者，完全可以進入新三板市場 。在投資者資質上，符合新三板市場投資者適當性管理的個人投資者，可進入新三板市場參與報價轉讓交易。
第四，發行監管回歸證監會，適當突破200人限制。根據《中關村科技園區非上市股份有限公司報價轉讓試點辦法（暫行）》規定，新三板掛牌企業的性質屬于非上市公眾公司，因此在股份轉讓過程中，股東人數始終不能突破200人，這也是被市場詬病新三板交易不活躍的主要原因。根據《證券法》規定，經過證券監管機關的核準，企業才能公開發行股份。因此，建議新三板市場的發行（備案）擴容權和監管權收歸中國證監會，股權托管至中國證券登記結算中心，而企業在證監會備案后即可公開發行。突破200人限制，將直接有利于新三板市場的活躍和發展，有利于轉板機制的建立和完善。
第五，建立轉板機制，把新三板建成孵化器和蓄水池�！稗D板制度”是企業在不同層次的證券市場間流動的制度，是資本市場體系中各個層次資本市場之間的橋梁，是資本市場中不可或缺的重要環節。目前我國并不存在真正的轉板制度，三板掛牌企業和非三板企業，都需要通過首次公開發行的程序才能在場內資本市場的相關板塊上市。新三板企業仍只能通過IPO的方式首次公開發行并在場內市場上市，且其IPO的條件與其他企業無異。因此，建立規范、靈活的轉板機制符合場外市場的特性。在新三板掛牌的公司，一旦達到在主板市場或創業板市場上市的條件，可直接申請轉板，不再需要通過發審委IPO的審核程序。這樣將大大縮短三板公司在主板上市的步伐，而且將極大地增強三板市場對于高科技中小企業的吸引力。之前曾出現所謂“轉板成功”的案例，均是通過增量發行的方式進行的，這和一般公司提出首發申請并沒有太大區別，轉板通道只是名義上存在而已。我們建議，在轉板機制中應推行存量發行，即不發行新股，也不進行融資，而是將原來在新三板上運行的股本“平移”到創業板或者中小企業板塊上，此辦法將有效防止轉板公司股票在二級市場上高溢價圈錢沖擊證券市場 。