村鎮銀行是新型的農村金融機構，旨在解決現有農村地區金融機構覆蓋率低、金融供給不足、競爭不充分、金融服務缺位等問題。截至2012年3月末，全國共組建村鎮銀行740家，村鎮銀行在機構數量、資產規模、盈利能力等方面均有了較大突破。但是，村鎮銀行在發展過程中也暴露出一些問題，其中最為突出的問題就是冠以“村鎮”之名的村鎮銀行即不進村也不入鎮，機構和服務對象都停留在縣城、甚至在地級市，村鎮銀行徒有虛名。
　　村鎮銀行定位主要體現在建立的地點，地點決定了服務對象。從已經成立的村鎮銀行來看，其總部大多設在各試點地區的行政中心所在地，周邊的金融和經濟環境比較理想，主要是集中在縣城，這并不完全符合在金融服務空白地區布局的經營思路，村鎮銀行呈現“冠名村鎮，身處縣城”的格局。以遼寧省為例，建立的24家村鎮銀行，基本上都注冊在縣城。
　　發展思路偏離辦行離宗旨。城商行和農村合作金融機構發起成立的村鎮銀行大多數類似發起行的分支機構，領導班子往往由發起行相關人士直接擔任，很大一部分的經營模式幾乎拷貝了發起行的模式。這就造成村鎮銀行除了獨立小法人的身份、規模和經營范疇不同外，與其他的金融機構沒有太多的區別。
　　村鎮銀行處于探索起步階段斷，銀行網點少、人手不足、結算不通，缺乏農村金融服務經驗，并在農信社、郵政儲蓄銀行的夾擊之下，市場空間較為狹小，且缺乏核心競爭優勢。村鎮銀行基于對股東投資報酬的考慮都不同程度地存在急于擴張規模、高速發展、創造收益的現象，直接造成信貸投向偏離“三農”。
　　社會認知度不高。大部分農戶比較信任傳統的商業銀行和信用社，對村鎮銀行始終抱有觀望和不信任的態度，對于到村鎮銀行存貸款還持有排斥的心態，也導致村鎮銀行業務發展緩慢。
　　村鎮銀行要實現可持續發展，就要定位在服務“三農”上，原銀監會副主席史記良認為，首先，村鎮銀行一定要眼睛向下、機構向下、業務向下，要深入村鎮、社區、農村，不能夠往大城市上靠。
　　村鎮銀行要確定自己的目標客戶群，即廣大農村市場是其服務主體，為“三農”經濟發展提供金融支持。監管部門對于已成立的村鎮銀行，可以采用在農村地區設立新的分支機構來為農村經濟提供金融服務。對于沒有批準設立的機構，監管部門應從嚴把住市場準入門檻，村鎮銀行必須設在縣（市）以下，或者是農村鄉鎮，甚至是村級。村鎮銀行的定位一定要準，即服務大銀行不愿意服務的小企業和“三農”等低端客戶和困難群體。央行、銀監會應該改變目前很少討論村鎮銀行服務主體的現狀，積極引導村鎮銀行去服務于小企業和“三農”等低端客戶。
　　由于對象的特殊性，如何保持村鎮銀行的盈利能力是實現村鎮銀行可持續經營的前提，國家在政策上應該給予一定的優惠和扶持：加大對村鎮銀行的稅收優惠和財政扶持力度；發揮財政扶持作用，建立貸款風險補償基金制度；對地方優勢農業生產，采取貼息貸款方式，引導農戶加大投入，防范信貸風險；對村鎮銀行實行相對較低的差別法定存款準備金率，給予村鎮銀行一定的再貸款支持。