營改增被認為是中國稅收改革的最重要的抓手，營改增是日后中國稅收、公共財政的風向標。
營改增的目標是減輕企業負擔，發展服務性行業，減輕企業負擔是為了讓利于企業，發展服務業是為了調整經濟結構，更重要的是，營改增是調整中國地方與中央財政稅分成的先兆。
根據試點情況，營改增存在兩大問題：一是某些行業稅收增加，二是地方財政收入減少。如果不改變營改增存在的問題，將衍生出兩大負面效果：稅收增加的企業抵制營改增，進而誤解稅收改革與民爭利;地方財政收入下降將導致地方更加依賴土地財政，地方政府或者暗中反對營改增，或者放開手發展房地產業，兩者必居其一。而中央政府財權更大，將直接影響未來中國的發展路徑。
營改增后交通運輸行業的物流企業負擔大增。
營改增之后，地方稅收收入將減少。為推廣營改增，目前的權宜之計，是將營業稅改征增值稅之后的收入全部返還給地方政府，此舉不可能長久。即使保持目前營改增收入全部納入地方財政籃子的格局不變，營改增的降稅負擔也將落到地方政府頭上，從理論上地方政府要補貼稅收負擔加重的企業。上海2012年前11個月，營改增試點已經累計減稅225億元，占2011全年營業稅收入的22%左右，占地方公共財政收入的6%左右。2013年許多試點省市紛紛下調財政收入目標，為未來改革留空間。從長遠看，營業稅全部改為增值稅后，不可能保持目前的返還制度，地方與中央政府的分成比例必然重新劃分。
如果不降低物流等行業稅負，不改變地方政府補貼的復雜，很難擺脫與民爭利、官僚化的指責;如果不盡快建立地方政府的合法合規的稅費、預算體制，營改增將加劇地方財權與事權不匹配的沉疴，地方政府依靠土地收入、依靠隱性負債平衡財務的現象將愈演愈烈，而上級政府很難逃脫與地方爭利的詬病。
中央與地方政府必須劃分新的稅收分成機制，同時在嚴格預決算的基礎上，建立能夠滿足地方財政所需的新稅種。試點區域各地方政府，紛紛下調2013年財政收入計劃，為營改增騰出空間。如果地方政府財政收入下降，而地方投資規模并未因此下調，房地產市場價格更高、風險更大，各地地方政府將繼續通過盤活土地資產的方式解決目前的收入困境。另一方面，如果中央政府掌握財權越重，轉移支付的力度越大，各地財政空間越小，離地方財政自治的目標也就越遠。
盡快為營改增存在的問題糾偏，跳離爭權與攬權陷阱，才能為未來更加困難的房產稅改革厘清障礙。